Doraemon y toda la pandilla vuelven con una nueva y trepidante aventura. Y es que en esta ocasión, y con motivo de la búsqueda de documentación para un trabajo de escuela sobre el mar, la puerta mágica de Doraemon hará que Nobita, Shizuka, Gian y Suneo se trasladen a alta mar. Allí embarcarán en un inmenso y peculiar barco para conocer de cerca los misterios del mar y en busca de grandes tesoros. Lo que nadie imagina es que una distorsión en la línea del espacio-tiempo los conducirá hasta el siglo XVII, en medio de una gran tormenta que les hace naufragar y en la que Doraemon pierde su bolsillo mágico. Por fortuna, un barco pirata que navega cerca acude en su ayuda y logra rescatar a nuestros amigos, excepto a Nobita, que flota a la deriva hasta la Isla Tomoe. Los piratas van en busca del capitán Corto y toda su tripulación, desaparecida en la isla Tomoe. Y ahora todos juntos se disponen también a buscar a Nobita. Por suerte, éste no está sólo, ya que en la Isla conoce a Jack, el hijo del capitán Corto. En ese lugar hay un misterio que deberán resolver.