Un día uno de sus casos se complica y unos misteriosos hombres de negro le obligan a ingerir un “veneno” desconocido que provoca que su cuerpo rejuvenezca a la edad de 6 años.
Con el seudónimo de Conan, Shinichi se oculta de sus agresores pero no renucia a su actividad de detective, ingeniándoselas como puede para resolver los casos de Kogoru, el inútil detective que es el padre de Ran, la novia de Shinichi.
Solo el profesor Agasa, que le facilita toda clase de artefactos para sus investigaciones y unos pocos amigos conocen su secreto.
La dinámica de la serie gira alrededor de los diferentes casos, al más puro estilo Ágata Christie, que ha de resolver el “pequeño” Conan, teniendo como fondo la búsqueda de los hombres de negro, el romance entre Conan y las situaciones cómicas derivadas del “estado” del protagonista , todo estos son los artífices de esta apasionante historia.